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Les applications CafriplotsR en un coup d'œil

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Introduction

CafriplotsR propose dix applications interactives. Elles couvrent tout le cycle de vie d’un jeu de données d’inventaire — l’explorer, en standardiser la taxonomie, l’importer, le corriger, le relier aux spécimens d’herbier — sans écrire d’autre code R que la ligne qui lance l’application.

Chaque application s’ouvre sur le même écran de connexion. Ce qui change, c’est qui peut l’utiliser : trois applications s’ouvrent sans aucun identifiant, les sept autres exigent votre propre compte car elles écrivent dans la base. L’une des trois, l’application d’appariement taxonomique, va même plus loin et fonctionne aussi hors ligne.

L’une d’entre elles ne demande même pas R. L’application de standardisation des noms taxonomiques est aussi hébergée, à l’adresse https://cafri-taxomatch.lab.sspcloud.fr : ouvrez-la dans un navigateur et elle se comporte exactement comme l’application locale, connexion publique comprise. Utilisez-la pour essayer le paquet, ou pour montrer le flux de travail à un collègue sans rien lui faire installer.

Quelle application choisir ?

Application Lancement Accès
Standardisation des noms taxonomiques launch_taxonomic_match_app() public, compte ou hors ligne
Référentiel taxonomique launch_taxo_backbone_app() public pour consulter, compte pour modifier
Interrogation des parcelles launch_query_plots_app() public ou compte
Import de données de parcelles launch_import_wizard() compte
Caractéristiques et recensements launch_feature_wizard() compte
Corrections enregistrement par enregistrement launch_data_update_app() compte
Import de traits au niveau du taxon launch_taxa_traits_import() compte
Import de spécimens d’herbier launch_specimen_import_wizard() compte
Identifications des spécimens launch_specimen_identification_app() compte
Liaison individus ↔︎ spécimens launch_individual_specimen_linking_app() compte

Travailler sans compte

L’écran de connexion des trois applications en lecture seule propose un bouton Connect as public user. Il vous connecte via un compte partagé, en lecture seule, qui atteint la taxonomie et les traits au niveau des espèces. Rien de ce que vous faites dans ce mode ne peut modifier la base, et les commandes d’édition sont masquées plutôt que désactivées.

Cela suffit pour :

  • standardiser votre propre liste d’espèces sur le référentiel d’Afrique centrale,
  • consulter le référentiel, sa synonymie et les traits associés à un taxon,
  • explorer les inventaires que leurs propriétaires ont ouverts à tous.

Cela ne suffit pas pour importer des données, corriger des enregistrements ou gérer des spécimens. Ces applications n’affichent pas le bouton public, car un compte en lecture seule ne permet d’aller au bout d’aucun de leurs enchaînements.

Travailler sans réseau

Une application va plus loin encore et fonctionne sans aucune base de données : celle de standardisation des noms taxonomiques propose un bouton Use offline (cached backbone). Elle s’appuie sur une copie du référentiel taxonomique enregistrée sur votre propre machine, ce qui permet de standardiser une liste d’espèces depuis une station de terrain, un avion ou tout autre endroit sans route vers le serveur.

Deux points à connaître avant de compter dessus :

  • Le bouton n’apparaît qu’une fois le cache constitué. Celui-ci est écrit lors de la première utilisation de l’application en ligne : lancez-la donc une fois connecté avant de partir.
  • Hors ligne, vous disposez de l’appariement automatique, des suggestions floues et de la révision manuelle. L’onglet d’enrichissement par les traits est masqué, car les traits vivent dans la base et rien de local ne peut les remplacer.

Les neuf autres applications n’affichent jamais ce bouton. Le mode hors ligne laisse l’application sans aucune connexion, et aucune d’elles n’a alors de quoi travailler : elles importent, corrigent ou interrogent des données vivantes. Si vous cherchiez ce bouton ailleurs, voilà pourquoi il n’y est pas.

Explorer et standardiser

Standardisation des noms taxonomiques

Confronte votre propre liste de noms d’espèces au référentiel taxonomique des plantes d’Afrique centrale : appariement automatique avec recherche floue, révision manuelle de ce que l’appariement n’a pas su résoudre, et export de la liste standardisée. Le résultat attribue à chacun de vos noms un identifiant de taxon stable (idtax_n), ce qui permet ensuite de greffer traits et inventaires.

Commencez ici si vous arrivez avec une liste d’espèces issue de votre terrain. C’est aussi la seule application qui fonctionne hors ligne, à partir d’une copie locale du référentiel.

Et c’est la seule que vous pouvez aussi utiliser sans rien installer : https://cafri-taxomatch.lab.sspcloud.fr sert la même application depuis SSP Cloud. La copie hébergée interroge la même base, si bien qu’une liste standardisée exportée là-bas porte les mêmes idtax_n qu’une liste produite localement.

Référentiel taxonomique

Consulte et gère le référentiel taxonomique lui-même : recherche de taxons, examen des relations de synonymie, et génération du code R correspondant à la requête que vous venez de construire à la main. Avec un compte, l’application ajoute aussi de nouveaux taxons, met à jour des enregistrements existants et entretient la synonymie. En utilisateur public, vous disposez de la partie consultation et génération de code ; les commandes d’édition n’apparaissent pas.

Interrogation des parcelles

Une interface interactive à query_plots() : filtrer les parcelles par pays, méthode ou autres critères, les visualiser sur une carte, descendre jusqu’aux arbres individuels et exporter le résultat. Les parcelles visibles dépendent du compte utilisé — ce sont les politiques de sécurité au niveau des lignes qui décident, et un utilisateur public ne voit que les inventaires ouverts à tous par leurs propriétaires.

Importer et mettre à jour

Ces applications exigent toutes votre propre compte, et ne touchent jamais que les parcelles auxquelles ce compte donne droit.

Import de données de parcelles

L’enchaînement complet d’import des parcelles et des mesures individuelles : charger un fichier, faire correspondre ses colonnes aux champs de la base, valider, prévisualiser ce qui sera écrit, puis exécuter. L’application s’appuie sur les fonctions d’import du package : les contrôles que vous feriez à la main sont appliqués pour vous.

Caractéristiques et recensements

Ajoute des caractéristiques à des parcelles existantes — soit un nouveau recensement, avec ses dates et les personnes impliquées, soit des caractéristiques quelconques au niveau de la parcelle.

Corrections enregistrement par enregistrement

Corrige les métadonnées de parcelles et les enregistrements individuels un par un. C’est la contrepartie accessible de update_records(), plus puissante mais qui suppose de savoir déjà dans quelle table vit la valeur à changer.

Import de traits au niveau du taxon

Importe des mesures de traits attachées aux taxons plutôt qu’aux tiges individuelles : chargement, correspondance de vos colonnes avec la liste des traits, prévisualisation, exécution.

Spécimens d’herbier

Import de spécimens

Importe de nouveaux spécimens d’herbier depuis des fichiers Excel ou CSV.

Identifications des spécimens

Met à jour les identifications enregistrées pour les spécimens, en s’appuyant sur update_ident_specimens().

Liaison individus ↔︎ spécimens

Crée les liens entre arbres individuels et spécimens d’herbier, à partir des informations d’herbier présentes dans votre jeu de données d’individus.

Obtenir un compte

L’accès public couvre la taxonomie et les traits. Travailler sur des données d’inventaire — les vôtres ou celles d’un collègue — nécessite un compte, qui détermine aussi les parcelles que vous pouvez interroger et mettre à jour. L’accès est accordé par utilisateur : contactez les mainteneurs pour en obtenir un.