CafriplotsR

Package R pour la gestion et l’exploration de la base de données des parcelles forestières d’Afrique centrale réseau cafriplot

Aperçu

CafriplotsR fournit des outils pour interroger une base de données PostgreSQL contenant des données d’inventaires forestiers d’Afrique tropicale. Le package offre des fonctions et des applications Shiny pour (1) gérer les mesures d’arbres individuels sur lesquelles des mesures (ou observations) de traits sensus largo au niveau du taxon ou de la tige peuvent être agrégées, (2) standardiser les informations taxonomiques et les enrichir avec des traits au niveau du taxon. L’avantage de ce package est de permettre la gestion des inventaires, traits et observations sous le même référentiel taxonomique, facilitant ainsi l’intégration des données, la reproductibilité dans l’analyse et la manipulation des données, et la réutilisabilité des données.

Fonctionnalités principales :

Interroger les données de parcelles, les mesures d’arbres individuels et les caractéristiques écologiques
Accéder et agréger les traits sensus largo au niveau de l’espèce
Application Shiny pour standardiser et corriger votre propre liste de noms taxonomiques

Installation

# Installer depuis GitHub
install.packages(c("tidyverse", "dbplyr", "devtools"))
devtools::install_github("umr-amap/cafriplotsR", upgrade = "never")

En cas de connexion internet lente, l’installation depuis GitHub ci-dessus peut échouer. Vous pouvez essayer de lancer d’abord cette ligne de code dans la console, elle augmentera le délai d’attente pour l’installation :

options(timeout = max(3000, getOption("timeout")))

Note : L’accès à la base de données est restreint et nécessite des identifiants appropriés.

Logique du Package et Contrôle d’Accès

Le package CafriplotsR offre des outils pour manipuler, exporter, visualiser, standardiser et enrichir les données d’inventaire de plantes d’Afrique centrale.

Modèle d’Accès

Le package implémente un système d’accès à deux niveaux :

Inventaires de parcelles (sécurité au niveau des lignes) :
- Chaque utilisateur a accès à ses propres parcelles, contrôlé par des politiques de sécurité au niveau des lignes de la base de données
- Les politiques définissent quelles parcelles spécifiques chaque utilisateur peut interroger et mettre à jour
- Assure que les fournisseurs de données gardent le contrôle sur leurs inventaires contribués
- Certains inventaires sont accessibles à tous les utilisateurs
Traits au niveau de l’espèce (accès pour tous les utilisateurs) :
- Tous les utilisateurs ont un accès en lecture à la base de données taxonomique
- Ces données sont greffées et agrégées aux inventaires

Ce design assure la souveraineté des données pour les propriétaires de parcelles tout en permettant à la communauté de recherche de bénéficier des connaissances taxonomiques et de traits partagées.

Développements Futurs

Données d’occurrence d’espèces : Accès libre aux enregistrements d’occurrence à travers l’Afrique centrale (pas encore implémenté). La base de données RAINBIO (uniquement pour les arbustes et arbres) sera accessible et interopérable avec les inventaires.

Architecture de la Base de Données

Le package se connecte à deux bases de données PostgreSQL :

Base de données principale (plots_transects) : Données de parcelles, sous-parcelles et arbres individuels
Base de données taxonomique (rainbio) : Informations taxonomiques et traits au niveau de l’espèce

Démarrage Rapide

library(CafriplotsR)

# Se connecter aux bases de données
mydb <- call.mydb()
mydb_taxa <- call.mydb.taxa()

# Interroger les parcelles
plots <- query_plots(id_plot = c(1, 2, 3))

# Interroger les parcelles
plots <- query_plots(country = "GABON")

# Visualiser la structure de la base de données
get_database_fk(mydb)

Liaison de Spécimens d’Herbier : Améliorer la Qualité des Données dans le Temps

Une fonctionnalité unique pour améliorer la qualité des données dans le temps

Les identifications de terrain dans les inventaires forestiers, bien que précieuses, souffrent souvent d’incertitude taxonomique. Les spécimens botaniques collectés sur les mêmes individus et déposés dans les herbiers font l’objet de révisions taxonomiques expertes au fil du temps, aboutissant à des identifications plus précises. Cependant, ces connaissances améliorées restent généralement isolées dans les bases de données d’herbiers, déconnectées des données d’inventaires écologiques.

La solution CafriplotsR : Liens formels spécimen-individu

Ce package implémente un système de liaison de spécimens qui crée des connexions formelles et persistantes entre :

Les arbres individuels dans les inventaires forestiers (avec leurs mesures écologiques)
Les spécimens d’herbier collectés sur ces mêmes individus (avec leur taxonomie révisée par des experts)

Avantages clés :

Mises à jour taxonomiques automatiques : Lorsque l’identification d’un spécimen est révisée par des taxonomistes, l’individu d’inventaire lié hérite automatiquement de la taxonomie mise à jour. Aucune ré-identification manuelle nécessaire.
Amélioration de la qualité des données dans le temps : Vos données d’inventaire deviennent progressivement plus précises au fur et à mesure que les identifications de spécimens sont affinées, sans nécessiter de revisites sur le terrain ou d’efforts supplémentaires.
Traçabilité : Chaque enregistrement d’inventaire maintient un lien clair vers son spécimen de référence, fournissant une preuve scientifique et permettant la vérification.
Confiance taxonomique : Distinguez entre les identifications de terrain (sujettes à incertitude) et les identifications basées sur des spécimens (vérifiées par des experts).
Longévité des données : Les données d’inventaire restent connectées à l’évolution des connaissances taxonomiques, garantissant une valeur scientifique à long terme.

📖 Pour des instructions détaillées sur comment lier des spécimens aux individus, consultez la vignette : Liaison de spécimens d’herbier aux individus d’inventaire

Fonctions Principales

Gestion des Connexions

call.mydb() - Se connecter à la base de données principale
call.mydb.taxa() - Se connecter à la base de données taxonomique
cleanup_connections() - Fermer toutes les connexions
db_diagnostic() - Diagnostics de connexion à la base de données

Interrogation des Données

query_plots() - Interroger les métadonnées des parcelles ou les individus

Documentation

Aide des fonctions : Utilisez ?nom_fonction pour une documentation détaillée
Journal des modifications : Voir NEWS.md pour l’historique des versions et les mises à jour

Mises à Jour Récentes

Voir NEWS.md pour les derniers changements, incluant :

Changements majeurs et guides de migration
Nouvelles fonctionnalités et améliorations
Corrections de bugs et améliorations

Métadonnées du Package

Auteurs : Gilles Dauby, Hugo Leblanc
Mainteneur : Gilles Dauby (gilles.dauby@ird.fr)
Licence : GPL-2
Version R minimum : 4.0

Contribuer

Ce package suit un workflow de branches git :

Toutes les modifications de code sont faites sur des branches de fonctionnalité
Les changements sont documentés dans NEWS.md
Les pull requests sont revues avant la fusion dans master

Support

Pour les problèmes, questions ou demandes de fonctionnalités, contactez le mainteneur du package.