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CafriplotsR Newsletter

Actualités sur les grandes étapes du package CafriplotsR

Mai 2026

Nouvelles fonctionnalités

Basculer entre le référentiel taxonomique interne et WCVP

CafriplotsR intègre désormais un second référentiel taxonomique : le World Checklist of Vascular Plants (WCVP). Le référentiel interne à CafriplotsR reste le référentiel par défaut mais il est maintenant possible de travailler en suivant la nomenclature de WCVP.

La motivation est la même que pour le suivi des citations : la transparence sur la provenance taxonomique. Lorsque les données quittent la base, l’utilisateur sait exactement quel référentiel a été utilisé pour interpréter chaque nom, et peut basculer entre référentiels.

Le référentiel se choisit au moment de la requête, via un seul argument :

con <- connect_cafri()$main
query_plots(country = "GABON", backbone = "wcvp", extract_individuals = T)
query_taxa(species = "Dacryodes edulis", backbone = "wcvp", check_synonymy = F)

Lorsque backbone = "wcvp", les colonnes taxonomiques standard sont remplacées par les données de WCVP. Deux colonnes supplémentaires rendent cette substitution transparente :

  • name_source — "wcvp" si le taxon a été résolu vers un nom WCVP, "internal" si le repli silencieux vers le référentiel Cafriplots a été nécessaire (pas de correspondance WCVP)
  • alt_taxon_name — le nom interne d’origine conservé en parallèle, pour pouvoir toujours remonter au référentiel Cafriplots

La version actuelle du WCVP peut être vérifiée avec le code suivant (il s’agit de la plus récente, de début janvier 2026) :

con.taxa <- connect_cafri()$taxa
get_wcvp_status(con_taxa = con.taxa)

Les identifiants internes (idtax_n, l’identifiant du taxa, idtax_good_n, l’identifiant du synonyme éventuel) sont conservées ; les analogues WCVP (wcvp_plant_name_id, wcvp_accepted_plant_name_id) sont ajoutés comme colonnes séparées. Chaque ligne reste donc ancrée simultanément aux deux systèmes de référence.

Le même choix est disponible dans les applications interactives :

  • launch_taxonomic_match_app() — la fenêtre de sélection du référentiel propose désormais WCVP comme alternative dès que les données WCVP sont présentes dans la base taxonomique.
  • launch_query_plots() — l’extraction peut être lancée dans l’espace WCVP ; la source de chaque nom taxonomique est documentée dans les tables de sortie via name_source.

Traits agrégés au niveau taxonomique à partir des mesures individuelles

Les mesures individuelles (par ex. DBH, hauteur, etc.) associées aux inventaires peuvent être agrégées par taxon et exposées comme traits au niveau taxon, prêtes à être greffées sur toute requête future — exactement comme les traits de densité du bois ou d’autres traits au niveau taxon provenant de compilations externes.

L’agrégation est déclarative : une petite table de configuration (trait_aggregation_config) contient des règles du type « prendre le 95ᵉ percentile du diamètre de tige, en restreignant aux individus identifiés au niveau espèce ou en dessous, avec au moins 5 mesures ». Le pipeline lit les règles, calcule la valeur agrégée par taxon, et écrit le résultat dans taxa_traits_measures :

Une fois générés, ces traits agrégés se comportent exactement comme n’importe quel autre trait au niveau taxon : query_taxa_traits() les renvoie de manière transparente, et query_individual_features() / query_plots() les greffent sur les individus d’inventaires via le lien taxonomique. Du point de vue de l’utilisateur, il n’y a pas de second pipeline à exécuter.

Accès public et souveraineté des données. Les traits agrégés sont marqués par une citation dédiée et non publique (CafriplotsR_aggregated), et la politique de sécurité au niveau ligne sur taxa_traits_measures est RESTRICTIVE : la connexion publique ne peut pas les voir. Ils ne sont visibles que par les utilisateurs authentifiés.

Ce système d’aggrégation taxonomique de traits permet de mettre en place un échange à double sens: lorsqu’on importe des données, on contribue à mieux documenter les traits des espèces que l’on a inventorier, et simultanément on profite des données de traits déja incluses.

Connexion à la base de données simplifiée

Se connecter à la base est désormais l’affaire d’une ligne. La nouvelle fonction connect_cafri() remplace l’ancienne séquence en deux étapes qui appelait séparément call.mydb() et call.mydb.taxa() — une seule invite d’identifiants ouvre les deux bases simultanément et stocke les connexions afin que toute fonction du package les réutilise de manière transparente :

cons <- connect_cafri()
cons$main   # base principale
cons$taxa   # base taxonomique

Trois améliorations supplémentaires accompagnent ce changement :

  • Les identifiants .Renviron sont désormais détectés automatiquement. Si vous aviez exécuté setup_db_credentials() pour conserver MYDB_USER et MYDB_PASS, vous n’avez plus besoin de l’argument use_env_credentials = TRUE — le package les détecte et se connecte automatiquement.
  • Le nom d’utilisateur est maintenant demandé avant le mot de passe, comme dans tout formulaire de connexion classique.
  • Un mot de passe erroné ne reste plus en cache. Auparavant, une faute de frappe restait stockée en mémoire et chaque tentative de connexion suivante la réutilisait jusqu’à découvrir reset = TRUE. Les échecs d’authentification effacent désormais le cache et redemandent les identifiants automatiquement en mode interactif.

Les fonctions existantes call.mydb() et call.mydb.taxa() restent inchangées pour la compatibilité ascendante. Voir le Guide des Connexions à la Base de Données pour la référence complète.

Mars 2026

Nouvelles données

Intégration de la base de données de densité du bois de Tervuren (TWDD)

Une grande base de données de densité du bois — la TWDD — a été ajoutée à la base de données. Elle contient 13 332 échantillons couvrant 2 994 espèces, 1 022 genres et 156 familles de plantes sur six continents, dont 72 % des enregistrements provenant d’Afrique.

La TWDD ajoute 1 164 espèces, 160 genres et 8 familles de plantes qui n’étaient pas documentés auparavant.

Avant l’intégration, la taxonomie de la TWDD a été standardisée selon le référentiel taxonomique de CafriplotsR afin d’assurer la cohérence avec le reste de la base de données. Au total, 12 970 valeurs issues de la TWDD ont été ajoutées.

Toute utilisation de ces données doit citer la publication originale :

Verbiest W.W.M., Hicter P., Beeckman H. et al. (2026). The Tervuren xylarium Wood Density Database (TWDD). Scientific Data, 13, 243. https://doi.org/10.1038/s41597-026-06563-2

Nouvelles fonctionnalités

Suivi des citations pour les traits au niveau taxonomique

Les mesures de traits au niveau des taxons stockées dans la base de données sont désormais liées à leurs sources d’origine — études publiées ou bases de données de traits d’où les valeurs ont été extraites. Lorsque vous enrichissez un jeu de données d’espèces ou explorez des traits via les applications interactives (launch_taxo_backbone_app() et launch_taxonomic_match_app()), un panneau Sources de données dédié liste les citations concernées et le nombre de mesures/observations provenant de chaque source.

Cela rend la citation appropriée directe et sans ambiguïté : le panneau liste la référence complète de chaque source de sorte que l’utilisateur sait ce qu’il faut citer lorsque ces données son utilisées. Ce nouveau développement renforce un des objectifs de ce package qui est de faciliter l’intégration et la ré-utilisation de ces différents jeux de données. Pour cela, il est nécessaire d’être le plus transparent possible sur cette intégration de donc de respecter les exigences de partage des données des publications et bases de données sous-jacentes.

Pour les utilisateurs R : La fonction query_taxa_traits() accepte désormais le paramètre include_citation = TRUE pour joindre les informations de citation directement au tableau retourné. Les formats de sortie large (wide) et long sont tous deux pris en charge.

Mode accès public pour deux applications Shiny interactives

Deux applications de la boîte à outils CafriplotsR peuvent désormais être lancées sans identifiants de connexion — utile pour les collaborateurs, les relecteurs, ou toute personne souhaitant explorer les données sans demander un compte personnel :

  • Navigateur du référentiel taxonomique (launch_taxo_backbone_app()) : Parcourez le référentiel taxonomique complet, effectuez des recherches par nom ou identifiant, explorez la hiérarchie taxonomique, et extrayez les traits au niveau des taxons en format large ou long avec les citations associées.

  • Application d’harmonisation taxonomique et d’enrichissement en traits (launch_taxonomic_match_app()) : Chargez une liste d’espèces, standardisez les noms par rapport au référentiel CafriplotsR, et enrichissez-les avec les traits de la base de données — le tout dans une interface guidée, étape par étape.

En mode public, les applications se connectent automatiquement avec des identifiants en lecture seule, donc aucune connexion n’est requise. Les deux applications affichent une bannière claire indiquant que vous opérez en mode public avec accès en lecture seule.