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CafriplotsR Newsletter

Actualités sur les grandes étapes du package CafriplotsR et de la base de données des placettes forestières d’Afrique centrale.

Mai 2026

Nouvelles fonctionnalités

Basculer entre le référentiel taxonomique interne et WCVP

CafriplotsR intègre désormais un second référentiel taxonomique de premier plan : le World Checklist of Vascular Plants (WCVP). Le référentiel interne Cafriplots reste le référentiel par défaut — c’est lui qui sert à assembler la base, lier les individus et curer les données de traits — mais il est maintenant possible de travailler dans l’espace WCVP dès que l’on souhaite comparer avec, ou contribuer à, un référentiel mondial.

Le référentiel se choisit au moment de la requête, via un seul argument :

query_individual_features(con, backbone = "wcvp")
query_taxa_traits(con, backbone = "wcvp")

Lorsque backbone = "wcvp", les colonnes taxonomiques standard (tax_fam, tax_gen, tax_esp, niveaux infraspécifiques et auteur) sont remplacées sur place par les valeurs WCVP. Deux colonnes supplémentaires rendent cette substitution transparente :

  • name_source — "wcvp" si le taxon a été résolu vers un nom WCVP, "internal" si le repli silencieux vers le référentiel Cafriplots a été nécessaire (pas de correspondance WCVP)
  • alt_taxon_name — le nom interne d’origine conservé en parallèle, pour pouvoir toujours remonter au référentiel Cafriplots

Les identifiants internes (idtax_n, idtax_good_n) ne sont jamais écrasés ; les analogues WCVP (wcvp_plant_name_id, wcvp_accepted_plant_name_id) sont ajoutés comme colonnes séparées. Chaque ligne reste donc ancrée simultanément aux deux systèmes de référence.

Le même choix est disponible dans les applications interactives :

  • launch_taxonomic_match_app() — la fenêtre de sélection du référentiel propose désormais WCVP comme alternative dès que les données WCVP sont présentes dans la base taxonomique.
  • launch_query_plots() — l’extraction peut être lancée dans l’espace WCVP ; la source de chaque nom taxonomique est documentée dans les tables de sortie via name_source.

Procédure d’installation : la procédure d’import WCVP, à effectuer une seule fois (schéma, import des noms, appariement flou, liens), est documentée dans inst/docs/wcvp_setup_workflow.R. Une fois les données chargées, le statut est rapporté par get_wcvp_status() et la fraîcheur peut être vérifiée avec check_wcvp_update().

La motivation est la même que pour le suivi des citations : la transparence sur la provenance taxonomique. Lorsque les données quittent la base, l’utilisateur sait exactement quel référentiel a été utilisé pour interpréter chaque nom, et peut basculer entre référentiels sans avoir à ré-importer ni re-curer quoi que ce soit.

Traits agrégés au niveau taxonomique à partir des mesures individuelles

Le package referme désormais la seconde moitié du cercle vertueux présenté à Barcelone : les mesures individuelles (DBH, hauteur, diamètre de couronne, épaisseur d’écorce…) enregistrées dans les placettes peuvent être agrégées par taxon et exposées comme traits au niveau taxon, prêtes à être greffées sur toute requête future — exactement comme les traits de densité du bois ou de masse des graines provenant de compilations externes.

L’agrégation est déclarative : une petite table de configuration (trait_aggregation_config) contient des règles du type « prendre le 95ᵉ percentile du diamètre de tige, en restreignant aux individus identifiés au niveau espèce ou en dessous, avec au moins 5 mesures ». Le pipeline lit les règles, calcule la valeur agrégée par taxon, et écrit le résultat dans taxa_traits_measures :

add_trait_aggregation(
  source_trait_id = 1,         # stem_diameter
  method          = "percentile",
  method_param    = 95,
  min_n           = 5
)
rebuild_aggregated_taxa_traits(con, con_taxa)

Méthodes supportées : mean, median, min, max, sum, sd, percentile, mode, concat, count.

Pour que la méthode de transformation reste visible — afin que le p95 du DBH et le DBH brut ne soient jamais confondus, et que plusieurs méthodes appliquées à la même source puissent coexister — les lignes agrégées sont écrites dans des traits dérivés dont le nom reprend la source et la méthode (par ex. stem_diameter_p95, stem_diameter_max). Si vous préférez conserver le nom du trait d’origine, il suffit de passer explicitement target_trait_id = source_trait_id.

Une fois écrits, ces traits agrégés se comportent exactement comme n’importe quel autre trait au niveau taxon : query_taxa_traits() les renvoie de manière transparente, et query_individual_features() / query_plots() les greffent sur vos individus via le lien taxonomique habituel. Du point de vue de l’utilisateur, il n’y a pas de second pipeline à exécuter.

Accès public et souveraineté des données. Les traits agrégés sont marqués par une citation dédiée et non publique (CafriplotsR_aggregated), et la politique de sécurité au niveau ligne sur taxa_traits_measures est RESTRICTIVE : le rôle public ne peut pas les voir. Ils ne sont visibles que par les utilisateurs authentifiés disposant des permissions adéquates. Cela préserve le principe énoncé dans la présentation de Barcelone : seuls les résumés agrégés circulent, les données brutes des placettes ne quittent jamais votre réseau, et le portail public n’en voit aucune.

Mars 2026

Nouvelles données

Intégration de la base de données de densité du bois de Tervuren (TWDD)

Une grande base de données de densité du bois — la TWDD — a été ajoutée à la base de données. Elle contient 13 332 échantillons couvrant 2 994 espèces, 1 022 genres et 156 familles de plantes sur six continents, dont 72 % des enregistrements provenant d’Afrique.

La TWDD ajoute 1 164 espèces, 160 genres et 8 familles de plantes qui n’étaient pas documentés auparavant.

Avant l’intégration, la taxonomie de la TWDD a été standardisée selon le référentiel taxonomique de CafriplotsR afin d’assurer la cohérence avec le reste de la base de données. Au total, 12 970 valeurs issues de la TWDD ont été ajoutées.

Toute utilisation de ces données doit citer la publication originale :

Verbiest W.W.M., Hicter P., Beeckman H. et al. (2026). The Tervuren xylarium Wood Density Database (TWDD). Scientific Data, 13, 243. https://doi.org/10.1038/s41597-026-06563-2

Nouvelles fonctionnalités

Suivi des citations pour les traits au niveau taxonomique

Les mesures de traits au niveau des taxons stockées dans la base de données sont désormais liées à leurs sources d’origine — études publiées ou bases de données de traits d’où les valeurs ont été extraites. Lorsque vous enrichissez un jeu de données d’espèces ou explorez des traits via les applications interactives (launch_taxo_backbone_app() et launch_taxonomic_match_app()), un panneau Sources de données dédié liste les citations concernées et le nombre de mesures/observations provenant de chaque source.

Cela rend la citation appropriée directe et sans ambiguïté : le panneau liste la référence complète de chaque source de sorte que l’utilisateur sait ce qu’il faut citer lorsque ces données son utilisées. Ce nouveau développement renforce un des objectifs de ce package qui est de faciliter l’intégration et la ré-utilisation de ces différents jeux de données. Pour cela, il est nécessaire d’être le plus transparent possible sur cette intégration de donc de respecter les exigences de partage des données des publications et bases de données sous-jacentes.

Pour les utilisateurs R : La fonction query_taxa_traits() accepte désormais le paramètre include_citation = TRUE pour joindre les informations de citation directement au tableau retourné. Les formats de sortie large (wide) et long sont tous deux pris en charge.

Mode accès public pour deux applications Shiny interactives

Deux applications de la boîte à outils CafriplotsR peuvent désormais être lancées sans identifiants de connexion — utile pour les collaborateurs, les relecteurs, ou toute personne souhaitant explorer les données sans demander un compte personnel :

  • Navigateur du référentiel taxonomique (launch_taxo_backbone_app()) : Parcourez le référentiel taxonomique complet, effectuez des recherches par nom ou identifiant, explorez la hiérarchie taxonomique, et extrayez les traits au niveau des taxons en format large ou long avec les citations associées.

  • Application d’harmonisation taxonomique et d’enrichissement en traits (launch_taxonomic_match_app()) : Chargez une liste d’espèces, standardisez les noms par rapport au référentiel CafriplotsR, et enrichissez-les avec les traits de la base de données — le tout dans une interface guidée, étape par étape.

En mode public, les applications se connectent automatiquement avec des identifiants en lecture seule, donc aucune connexion n’est requise. Les deux applications affichent une bannière claire indiquant que vous opérez en mode public avec accès en lecture seule.