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Actualités sur les grandes étapes du package CafriplotsR et de la base de données des placettes forestières d’Afrique centrale.
Mars 2026
Nouvelles données
Intégration de la base de données de densité du bois de Tervuren (TWDD)
Une grande base de données de densité du bois — la TWDD — a été ajoutée à la base de données. Elle contient 13 332 échantillons couvrant 2 994 espèces, 1 022 genres et 156 familles de plantes sur six continents, dont 72 % des enregistrements provenant d’Afrique.
La TWDD ajoute 1 164 espèces, 160 genres et 8 familles de plantes qui n’étaient pas documentés auparavant.
Avant l’intégration, la taxonomie de la TWDD a été standardisée selon le référentiel taxonomique de CafriplotsR afin d’assurer la cohérence avec le reste de la base de données. Au total, 12 970 valeurs issues de la TWDD ont été ajoutées.
Toute utilisation de ces données doit citer la publication originale :
Verbiest W.W.M., Hicter P., Beeckman H. et al. (2026). The Tervuren xylarium Wood Density Database (TWDD). Scientific Data, 13, 243. https://doi.org/10.1038/s41597-026-06563-2
Nouvelles fonctionnalités
Suivi des citations pour les traits au niveau taxonomique
Les mesures de traits au niveau des taxons stockées dans la base de
données sont désormais liées à leurs sources d’origine — études publiées
ou bases de données de traits d’où les valeurs ont été extraites.
Lorsque vous enrichissez un jeu de données d’espèces ou explorez des
traits via les applications interactives
(launch_taxo_backbone_app() et
launch_taxonomic_match_app()), un panneau Sources
de données dédié liste les citations concernées et le nombre de
mesures/observations provenant de chaque source.
Cela rend la citation appropriée directe et sans ambiguïté : le panneau liste la référence complète de chaque source de sorte que l’utilisateur sait ce qu’il faut citer lorsque ces données son utilisées. Ce nouveau développement renforce un des objectifs de ce package qui est de faciliter l’intégration et la ré-utilisation de ces différents jeux de données. Pour cela, il est nécessaire d’être le plus transparent possible sur cette intégration de donc de respecter les exigences de partage des données des publications et bases de données sous-jacentes.
Pour les utilisateurs R : La fonction
query_taxa_traits()accepte désormais le paramètreinclude_citation = TRUEpour joindre les informations de citation directement au tableau retourné. Les formats de sortie large (wide) et long sont tous deux pris en charge.
Mode accès public pour deux applications Shiny interactives
Deux applications de la boîte à outils CafriplotsR peuvent désormais être lancées sans identifiants de connexion — utile pour les collaborateurs, les relecteurs, ou toute personne souhaitant explorer les données sans demander un compte personnel :
Navigateur du référentiel taxonomique (
launch_taxo_backbone_app()) : Parcourez le référentiel taxonomique complet, effectuez des recherches par nom ou identifiant, explorez la hiérarchie taxonomique, et extrayez les traits au niveau des taxons en format large ou long avec les citations associées.Application d’harmonisation taxonomique et d’enrichissement en traits (
launch_taxonomic_match_app()) : Chargez une liste d’espèces, standardisez les noms par rapport au référentiel CafriplotsR, et enrichissez-les avec les traits de la base de données — le tout dans une interface guidée, étape par étape.
En mode public, les applications se connectent automatiquement avec des identifiants en lecture seule, donc aucune connexion n’est requise. Les deux applications affichent une bannière claire indiquant que vous opérez en mode public avec accès en lecture seule.